L’Ente è stato istituito con la Legge regionale dell’Emilia-Romagna n. 24/2011 per attuare una gestione coordinata delle Aree protette e dei siti della Rete Natura 2000 (Zone Speciali di Conservazione-ZSC e Zone di Protezione Speciale-ZPS) delle province di Modena e di Reggio Emilia.

La sede legale ed amministrativa dell’Ente si trova a Modena, ma sono operative anche le sedi decentrate di Pievepelago, Guiglia (Pieve di Trebbio) e Rubiera (Corte Ospitale), le quali svolgono anche funzioni di informazione e vigilanza sul territorio.